Hola Óscar,
Accede a Finanzas > Plan de Cuentas. Una vez allí, busca la cuenta contable 999999 (ctrl + F, o el icono de Buscar).
Una vez tengas en pantalla sus datos, accede al botón "Bancos/Cuentas". En la nueva ventana que te aparece, tienes la opción para marcarla como inactiva (de manera similar a como se hace con interlocutores comerciales, por ejemplo).
De esta manera, evitas problemas si se emplea en un futuro por error.
Espero haberte sido de ayuda.
Saludos,
Toni